Klubben ble stiftet 28. oktober 1993, etter at klubbene Haugar  og Djerv 1919  slo sammen sine elitelag, med målsetting om å skape et stabilt eliteserielag. Også fotballklubben   Vard Haugesund  var aktuell til å delta i fusjonen, men på generalforsamlingen i klubben valgte de å stå utenfor. Høsten 2005 ble imidlertid samtalene om å innlemme Vard gjenopptatt. Siden sesongen 2007 har Vard fylt rollen som farmerlag for FK Haugesund.

I vår første sesong i divisjonssystemet, 1994, vant vi vår 2. divisjonsavdeling.. De to neste sesongene spilte vi i 1. divisjon og debuterte i Tippeligaen i 1997.  Vi berget plassen i 1997, men i 1998 fikk laget sin første sportslige nedtur da vi rykket ned til 1. divisjon. FK Haugesund  rykket opp igjen året etter, men det ble med et år i den øverste divisjonen.

I 2004 rykket FK Haugesund  ned fra 1. divisjon, og laget tilbrakte sesongen 2005 i 2. divisjon. Vi rykket snart opp igjen. Sesongene 2006–2009 var vi et Adeccoliga-lag. Sesongen 2009 endte med seriemesterskap og tilhørende opprykk, og siden har vi spilt i Tippeligaen. I slutten av 2009 valgte klubben av økonomiske årsaker å starte et eget aksjeselskap.

Mange mener at klubbens beste prestasjon var i cupen 2007,  hvor vi tok oss helt til finalen. Dette var for øvrig femte gang et lag fra Haugesund har spilt finale i cupen. Fjorårets plassering i Tippeliagen er også en meget god prestasjon. Da endte vi på 6. plass  med 45 poeng, noe som var over all forventning og en fantastisk prestasjon som nyopprykket lag.

Sesongen 2011 ble nok en sportslig opptur med mange høydepunkter. Eksempler på dette er da vi slo årets seriemester Molde, 5-0 hjemme og seier mot Rosenborg på Lerkendal, på fotballens nasjonaldag 16. mai og i tillegg fikk Nikola Djurdjic prisen som beste angriper i Tippeligaen for å nevne noen.

Vi endte til slutt på en fin 6. plass i Tippeligaen med 2 poeng mer enn i sesongen 2010.

Historikk:

Klubben ble stiftet 28. oktober 1993

1994  - 2. divisjon

1995 - 1996 - 1. divisjon

1997  - 1998 - Eliteserien

1999 - 1. divisjon

2000 - Eliteserien

2001 - 2004 - 1. divisjon

2005  - 2. divisjon

2006-2009 - 1. divisjon

2009- dags dato Eliteserien